[ Levensstijl bacterie zit in de genen ]
Model omzeilt problemen met labkweek van zeebacterie. Een computermodel kan de levensstijl van een bacterie voorspellen op basis van de genoomsequentie. Daarover publiceren onderzoekers van het DOE Joint Genome Institute in PNAS. Zeebacteriën zijn grofweg in twee categorieën te verdelen: de copiotrofen, die in voedingrijk warm water leven, en de oligotrofen, die in voedingsarm water leven. De onderzoekers sequensten twee extremen: Sphingopyxis alaskensis, opgevist uit de voedingsarme kustwateren van Alaska, en Photobacterium angustum, verkregen uit de warme voedingsrijke wateren van Sydney (Australië). De genoomsequenties werden met elkaar en met de genomen van andere copiotrofen en oligotrofen vergeleken. De onderzoekers kwamen tot 43 genetische markers die nauwkeurig de levensstijl van de bacterie kunnen voorspellen. Zo bleek dat copiotrofen meer genen hebben om op veranderingen in het milieu te kunnen reageren. Oligotrofen zijn minder selectief in het binnenlaten van stoffen.
Reageer of vul aan: